در مورد وضیعت بودجه بخش سلامت نکات چالشی وجود دارد از جمله اینکه منابع دارایی که در گذشته به صورت ارزی و دلاری بود جزو ردیف‌های بودجه‌ای پیش بینی نشده است.

برای دانشگاه‌های علوم پزشکی کشور عددی معادل ۱۰۸ هزار میلیارد تومان لحاظ شده است که نسبت به سال قبل ۴۲ درصد رشد داشته است.

سازمان‌های بیمه‌گر مکلف شوند هزینه دارو و تجهیزات و ملزومات پزشکی را به حساب جداگانه‌ای که دانشگاه‌ها اعلام می‌کنند، واریز کنند و تخلف از این بند در حکم تصرف غیرقانونی در وجوه اموال دولتی تلقی شود.